Изменение отображения компонентов:
в /templates/%templateName%/html/%com_name%/%viewName%/ кладутся php файлы из /components/%com_Name%/views/%viewName%/tmpl/
Добавление шаблона для пункта меню:
там же подредактировать %templateName%.xml
Шаблоны модулей кладутся прямо в корень:
../html/%mod_name%/